Le PNUE a joué un rôle majeur dans la mise en place de d’Accords environnementaux multilatéraux (MEA’s) majeurs qui règlent différents problèmes dont la biodiversité, la gestion des substances chimiques et des déchets toxiques, la migration des espèces, le trou dans la couche d’ozone (ses mécanismes de fonctionnement), les mers régionales et le commerce d’espèces menacées.

:Certains Accords multilatéraux sont directement administrés par le PNUE:

1. La Convention de Vienne pour la protection de la couche d’ozone (Secrétariat Ozone) et le Protocole de Montréal sur les substances qui appauvrissent la couche d’ozone (en plus de cela, on compte également le secrétariat des Fonds d’affectation Multilatéraux pour la mise en vigueur du Protocole de Montréal co-organisé avec le PNUE)
2. La Convention sur le commerce international des espèces de faune et de flore sauvages menacées d’extinction (CITIES).
3. La Convention sur la diversité biologique (CBD).
4. La Convention de Bonn sur la conservation des espèces migratrices appartenant à la faune sauvage. Celle-ci inclus l’Accord sur la conservation des oiseaux d’eau migrateurs d’Afrique-Eurasie, l’Accord sur la conservation des populations de chauves-souris d’Europe et l’Accord sur la conservation des petits cétacés de la mer Baltique et de la mer du Nord.
5. La Convention de Bâle sur le contrôle des mouvements transfrontaliers de déchets dangereux et de leur élimination.
6. La Convention de Stockholm sur les polluants organiques persistants (POP's).
7. La Convention de Rotterdam sur la procédure de consentement préalable en connaissance de cause applicable à certains produits chimiques et pesticides dangereux qui font l’objet d’un commerce international (secrétariat partagé avec la FAO)
8. Le Programme pour les mers régionale (administré par le PNUE)

Le PNUE accueille les secrétariats de ces conventions, mais chacune d’entre-elles a son propre système d’administration et sa propre autonomie politique.

.Le PNUE joue un rôle majeur dans la création de synergies entre les différents Accords environnementaux multilatéraux (MEA's). Il apporte également des supports techniques, légaux et politiques afin d’améliorer la mise en vigueur et le renforcement de ces accords au niveau régional, national et international.