Dix mille des quelque 25 000 espèces connues de poissons sont des espèces d’eau douce, soit 40 % du total mondial. Pourtant leur habitat ne constitue que 2,5 % environ des eaux du monde – et moins de 0,01 % si l’on exclut les calottes glacières et les eaux souterraines. Les écosystèmes d’eau douce – terres humides, fleuves et lacs – abritent également une part disproportionnée de la diversité biologique mondiale si l’on compare la superficie qu’ils occupent à celle de la terre.

L’Amazone et ses affluents constituent de loin le plus grand réseau fluvial du monde, puisqu’il couvre près de 6 millions de kilomètres carrés. Ses dimensions et sa position le long de l’équateur font de lui l’écosystème d’eau douce le plus divers de la Terre. Le lac Baïkal, le lac d’eau douce le plus grand, le plus profond et le plus ancien du monde, est lui aussi très riche en espèces d’eau douce. Plus de la moitié de ses espèces animales – 982 sur un total de 1 825 – sont endémiques et n’existent nulle part ailleurs. Cela s’explique tant par les dimensions du lac que par son ancienneté, car c’est le temps qui a permis à tant d’espèces uniques d’évoluer. En revanche, la plupart des lacs du monde sont jeunes, s’étant formés durant la dernière ère glaciaire, et ils sont donc relativement pauvres en espèces.

Aux quatre coins du monde, les espèces de poissons d’eau douce sont menacées d’extinction : 20 % d’entre elles environ se trouvent dans les 20 pays qui ont fait l’objet d’une évaluation complète pour les besoins de la Liste rouge de l’UICN. Environ 35 % des espèces de tortues d’eau douce risquent également l’extinction. Les oiseaux et mammifères d’eau douce sont moins menacés – probablement parce qu’il leur est plus facile de se déplacer d’une terre humide, d’un lac ou d’un bassin fluvial à un autre – mais les mammifères aquatiques ont moins de chance. Quatre des cinq espèces de dauphins des fleuves (Amazone, Gange, Indus et Yangzi Jiang) sont menacées, de même que les trois espèces de lamantins (d’Amazone, des Caraïbes et d’Afrique de l’Ouest).

Le dauphin du Yangzi Jiang, le Lipotes vexillifer – appelé « baiji » en Chine – est particulièrement menacé. Les scientifiques du gouvernement chinois s’efforcent de déplacer les cent derniers baijis pour essayer de sauver l’espèce : la pollution, la pêche et le trafic fluvial ont décimé cette espèce dont la population était estimée à 6 000 dans les années 1950. Si l’on parvient à les capturer, les dauphins seront relâchés dans la réserve naturelle de Tian’erzhou, créée à leur intention dans la province d’Hubei. Cette réserve est organisée autour d’un bras fluvial isolé, long de 21 kilomètres, qui s’est trouvé coupé du Yangzi Jiang lorsque le cours du fleuve a changé.

Le taux d’extinction des espèces de poissons d’eau douce a largement dépassé les taux naturels ambiants du siècle dernier. En un siècle, jusqu’en 1996, 91 espèces ont disparu officiellement dont 50 cichlidés du lac Victoria. Onze espèces supplémentaires ont disparu à l’état sauvage mais continuent à survivre en captivité.

Depuis 100 ans, la dégradation écologique des écosystèmes d’eau douce résulte principalement de quatre types d’activités humaines. La première est le retrait d’eau pour les utilisations humaines – exploitations agricoles, industrie et consommation des foyers – et la pollution provoquée par l’eau rejetée après utilisation. On estime que les populations utilisent plus de la moitié des quantités d’eau douce de ruissellement accessibles dans le monde entier. En Asie centrale, le retrait de la majeure partie de l’eau de surface des affluents de la mer d’Aral a provoqué sa destruction.

La deuxième cause principale de perte de diversité biologique est l’altération directe des habitats d’eau douce – construction de barrages, drainage des terres humides ou inondations périodiques délibérées au profit de l’agriculture. C’est la construction de barrages qui a eu l’impact le plus fort sur l’environnement aquatique dans de nombreux bassins versants. Les poissons qui remontent les fleuves pour se reproduire et redescendent ensuite vers la mer trouvent leur route barrée. Les barrages du fleuve Colorado aux Etats-Unis ont eu un impact si considérable sur le fleuve que celui-ci n’atteint la mer qu’à grand-peine : toutes les espèces de poissons de son cours inférieur sont mortes ou ne survivent que dans des poches isolées. Le manque d’eau douce s’écoulant du fleuve a également provoqué le déclin écologique du Golfe de Mexique.

La construction de 33 barrages hydroélectriques importants et des infrastructures connexes dans le bassin versant de Mobile Bay aux Etats-Unis a provoqué l’extinction de 38 des 118 espèces de ce qui était autrefois la plus riche faune d’escargots d’eau douce du monde. Les habitats des escargots ont été en grande partie détruits par l’accumulation de limons derrière les barrages et par l’immersion des hauts fonds.

La troisième pression exercée sur les écosystèmes d’eau douce vient de l’exploitation directe, généralement de la surpêche. Les poissons, mais également d’autres espèces d’eau douce comme les crustacés et les mollusques, sont pêchés à des fins commerciales et d’autres espèces, comme les crocodiles et les caïmans, sont chassées pour leur viande ou leur peau.

Le quatrième facteur est l’introduction, intentionnelle ou non, d’espèces étrangères qui peuvent être des prédateurs, des parasites ou des concurrents des espèces endémiques. De nombreux biologistes s’accordent désormais à penser que c’est là la première cause de déclin de la diversité biologique d’eau douce.

Tout comme le lac Baïkal, les lacs de la Rift Valley africaine sont très anciens et abritent une grande variété d’espèces. C’est le lac Malawi qui possède la diversité biologique la plus riche, grâce à son incroyable variété de cichlidés – plus de 600 de ses 640 espèces de poissons sont endémiques. Nombre des espèces endémiques de poissons d’eau douce de la Rift Valley sont devenues très rares ou ont disparu ces dernières décennies, suite à l’introduction de la perche du Nil, Lates niloticus. Introduite dans le lac Victoria vers 1970 à des fins alimentaires, elle se révéla un redoutable prédateur des cichlidés endémiques. Avant son arrivée, le lac abritait environ 300 espèces de cichlidés, dont beaucoup n’avaient jamais fait l’objet de descriptif scientifique et dont les experts ne connaissaient que le nom courant. Aujourd’hui, la moitié de ces espèces ont disparu ou elles sont trop rares pour qu’on puisse les pêcher et les étudier.

Les espèces de plantes exotiques peuvent elles aussi présenter des problèmes considérables. La jacinthe d’eau sud-américaine Eichhornia crassipes, qui flotte au gré des courants, pose des difficultés majeures partout où elle a été introduite, notamment en Afrique et en Asie. Sa croissance et son expansion rapides bloquent les canaux, bouchent les installations hydroélectriques, freinent le trafic fluvial et rendent la pêche impossible.